Le macchine virtuali possono essere protette da perdite di dati e altri problemi grazie a snapshot, AutoProtect, software anti-virus complementari e applicazioni per il backup.

Catturando uno snapshot in Fusion è possibile registrare lo stato della macchina virtuale in modo da poterla riportare a quello stato.

Fusion è in grado di catturare snapshot dello stato della macchina virtuale a intervalli grazie alla funzione AutoProtect. Questa funzione si aggiunge agli snapshot manuali, che possono essere catturati in qualsiasi momento.

Dato che le macchine virtuali sono documenti, è possibile effettuarne il backup realizzandone una copia.

Se si utilizza Time Machine, è necessario escludere le macchine virtuali dal backup.