La modalità di utilizzo delle macchine virtuali è uguale a quella delle macchine fisiche. Il Mac e le macchine virtuali possono anche interagire.

È possibile avviare, spegnere, sospendere, riprendere, riavviare e reimpostare le macchine virtuali. I comandi di alimentazione possono essere inviati al sistema operativo guest oppure alla macchina virtuale.

Quando una macchina virtuale viene eseguita in modalità Unity, il desktop del sistema operativo guest non è visibile ma è possibile aprire un'applicazione senza utilizzare il desktop.

È possibile aprire un'applicazione Windows da uno dei menu Applicazioni, ovvero il menu Applicazioni (Icona del menu Applicazioni disponibile nella barra dei menu del Mac.), accessibili nella barra dei menu del Mac o con un'abbreviazione da tastiera e il menu Applicazioni di Unity (Icona del menu Applicazioni di Unity.), accessibile dal Dock del Mac quando la macchina virtuale è nella vista Unity.

Fusion consente di spostare e condividere documenti tra una macchina virtuale e il Mac.

Nel pannello Applicazioni della finestra Impostazioni di una macchina virtuale, Fusion può essere impostato in modo che il Mac possa aprire delle applicazioni in una macchina virtuale, una macchina virtuale possa aprire delle applicazioni sul Mac o entrambe le cose.

È possibile posizionare l'icona di un'applicazione Windows nel Dock del Mac. È possibile aprire l'applicazione nello stesso modo in cui si aprono le applicazioni del Mac. È possibile accedere alle applicazioni della macchina virtuale senza dover utilizzare la barra dei menu di VMware Fusion o l'interfaccia del sistema operativo guest.

È possibile utilizzare più macchine virtuali contemporaneamente e passare dall'una all'altra facilmente.

Per utilizzare tastiere, mouse e trackpad Mac in una macchina virtuale, è necessario modificare alcune impostazioni e utilizzare combinazioni di tasti specifiche per riprodurre i comandi per PC.

La macchina virtuale può essere impostata per catturare le immissioni di mouse e tastiera. Una volta catturata l'immissione, il puntatore del mouse viene confinato all'interno della finestra della macchina virtuale e tutte le immissioni di tastiera e mouse vengono diretti alla macchina virtuale.